Adonis: ошибка в правой части формулы не имеет используемых терминов

Irene Adamo спросил: 03 ноября 2018 в 09:51 в: r

У меня есть эта матрица расстояний Чао, основанная на всех распространениях грибов:

      CR10      CR11      CR13      CR14      CR17      CR18      CR19
CR11 0.4531840                                                            
CR13 0.4288178 0.4624915                                                  
CR14 0.5903908 0.5466617 0.4942469                                        
CR17 0.4784990 0.3387325 0.6136265 0.5779121                              
CR18 0.7649840 0.7537409 0.7526077 0.5632825 0.4153391                    
CR19 0.3772907 0.4579895 0.3208187 0.3706775 0.5644193 0.7380274          
CR20 0.4598706 0.5529427 0.6424340 0.6690386 0.3855154 0.5509150 0.6406800

и таблица с 33 переменными среды для тех же графиков.

когда я run:

fungAbundAdonis <- lapply(colnames(env2), function(x) {
  form <- as.formula(paste("OTU.table2", x, sep="~")) 
  z <- adonis(form, data = env2, permutations=999)
  return(data.frame(env = rownames(z$aov.tab), Rsq = z$aov.tab$R2,P = z$aov.tab$P))}
)

Я получаю эту ошибку:

Ошибка в adonis (форма, данные = env2, перестановки = 999): правая рука сторона формулы не имеет пригодных для использования терминов.

Я не понимаю почему, потому что, когда я использую один и тот же скрипт с матрицей расстояний от 1 до 9 и 12 с 15 и 16 и окружающей средой Таблица для этих участков работает нормально. Кто-нибудь знает, что может быть источником ошибки? Спасибо!

0 ответов