Использование метода доступа DESeq2 в rpy2

Ilya спросил: 26 декабря 2017 в 07:37 в: r

Я пытаюсь использовать пакет DESeq2 через rpy2. В целом, он работает отлично, но я борюсь с использованием функции accessor.Specifically, у меня есть образец кадра данных tcdf и подсчитывает кадр данных access_tcdf, который я конвертирую в объекты R на

rtcdf = pandas2ri.py2ri_pandasdataframe(tcdf)
raccess_tcdf = pandas2ri.py2ri_pandasdataframe(access_tcdf)

, и я создаю DESeq_DataSet с помощью

ddsMat = deseq2.DESeqDataSetFromMatrix(countData = raccess_tcdf,
                              colData = rtcdf,
                              design = Formula("~ replicate + strain + time"))

То, что я могу предоставить предопределенные коэффициенты нормализации в rpy2 б>? У меня есть кадр данных для коэффициентов нормализации гена rnorm_factor, а в RI обычно:

normalizationFactors( ddsMat ) <- data.matrix(norm_factor)

, но я не понимаю, как и если я могу позвонить normalizationFactors function from rpy2.

Когда я попытался:

deseq2.normalizationFactors(ddsMat,bdm)

Я получил RRuntimeError:

 Error in .local(object, ...) : 
 unused argument (c(0.401314864917528, 0.375673211527775, ...

Я бы оцените предложения о том, как это сделать.

0 ответов